Istituiti per l'investigazione connotata da alta specializzazione, ovvero per corrispondere ad Autorità istituzionali centrali. Sono inquadrati nell'ambito di un Comando dei Reparti Speciali, con sede in Roma, dal quale dipendono:
.. il Comando Tutela della Finanza Pubblica, che ha alle dipendenze:
... il Nucleo Speciale Entrate, competente in materia di entrate del bilancio nazionale e degli Enti locali;
... il Nucleo Speciale Spesa Pubblica e Repressione Frodi Comunitarie, che opera in materia di spesa
pubblica, di frodi al bilancio comunitario e di uscite del bilancio nazionale e degli Enti locali;
.. il Comando Tutela dell'Economia, sovraordinato al:
... Nucleo Speciale Polizia Valutaria, che opera a tutela dei mercati finanziari e nei settori di servizio riguardanti il riciclaggio, i movimenti transfrontalieri di capitali, l'intermediazione finanziaria, l'usura, la disciplina dei mezzi di pagamento, il finanziamento al terrorismo, la tutela del risparmio, gli illeciti previsti dal testo unico delle leggi bancarie, da quello della finanza e dalla normativa che regola l'esercizio dell'attività di assicurazione;
... Nucleo Speciale Tutela Mercati, con funzioni di tutela delle regole dei mercati, in particolare in materia di illeciti contro l'economia pubblica, l'industria ed il commercio. Il Reparto è inoltre, il referente per la Guardia di Finanza delle Autorità Antitrust, per i Lavori Pubblici e per l'Energia;
... Servizio Centrale di Investigazione sulla Criminalità Organizzata, che opera a contrasto dei delitti di criminalità organizzata, intrattenendo, in tale ambito, relazioni operative con il Procuratore Nazionale Antimafia;
... Nucleo Speciale per la Radiodiffusione e l'Editoria, che collabora con l'Autorità per la Garanzia delle Comunicazioni;
.. il Comando Unità Speciali, dal quale dipendono:
... il Nucleo Speciale Commissioni Parlamentari d'Inchiesta, per l'attività di collaborazione con i particolari Organi Parlamentari;
... il Nucleo Speciale Funzione Pubblica e Privacy, referente della Guardia di Finanza nei rapporti con il Dipartimento della Funzione Pubblica e con l'Autorità Garante per la Tutela dei Dati Personali;
... il Nucleo Speciale Frodi Telematiche, che collabora con il Centro Nazionale per l'Informatica nella Pubblica Amministrazione ed opera a supporto di tutti i reparti del Corpo nel contrasto agli illeciti economico-finanziari perpetrati per via telematica;
... il Nucleo Speciale Tutela Pubblica Amministrazione, per le attività di collaborazione con l'Alto Commissario per la prevenzione ed il contrasto della corruzione e delle altre forme di illecito nella pubblica amministrazione;